SMA Negeri 54 Jakarta berdiri pada tahun 1979, yang pada waktu itu merupakan kelas jauh (filial) dari SMA I Budi Utomo Jakarta Pusat. Saat itu SMA Negeri 54 Jakarta berlokasi di Cipinang Muara, tepatnya lokasi gedung SMA Negeri 53 Jakarta saat ini. Suatu kehormatan saat itu, SMA Negeri 54 Jakarta diresmikan oleh Bapak Presiden Soeharto.
Pada tahun 1981, dibawah pimpinan Drs. Yunan Abdulah (1979-1981), SMA Negeri 54 Jakarta dipindahkan ke lokasi yang baru, dan lokasi terserbut saat ini ditempati oleh SMP Negeri 62 Jakarta. Tiga bulan kemudian SMA Negeri 54 dipindahkan lagi ke gedung baru yang dipersiapkan khusus untuk SMA Negeri 54 Jakarta yang dipergunakan sampai dengan pertengahan 2007. Sejak pertengahan 2007 itulah gedung SMA direnovasi ulang. Gedung baru sudah efektif dipergunakan sejak Januari 2008. Selama renovasi ulang dari pertengahan 2007 sampai dengan awal 2008, warga SMA Negeri 54 melakukan kegiatan belajar mengajar (KBM) di gedung SDN Rawa Bunga dengan jadwal sekolah petang.
Pimpinan sekolah dapat diurutkan sebagai berikut :
- Tahun 1980-1982 Drs. H. Joelioes Joesoef (Alm)
- Tahun 1982-1988 Drs. H. Yunan Abdullah (Alm)
- Tahun 1988-1990 Drs. Chalid Abu Bakar (Alm)
- Tahun 1990-1994 Drs. H. Mansur Lubis (Alm)
- Tahun 1994-1996 Drs. H. Abd. Rochim, M.M (Alm)
- Tahun 1996-1998 Drs. H. Muh.Zaid (Alm)
- Tahun 1998-2000 Drs. H. Soegiharto, M.M (Alm)
- Tahun 2000-2004 Drs. H. Sartiman, M.M (Alm)
- Tahun 2004-2008 Dra. Hj. Djarwati, M.M
- Tahun 2008-2010 Drs. H. Mugni Hadi
- Tahun 2010-2011 Drs. H. Sunarno, M.M
- Tahun 2011-2014 Dra. Hj. Mulyati Sudjono, M.Pd
- Tahun 2014-2015 Drs. Sunaryanto, M.Pd
- Tahun 2015-2018 Acep Mahmudin, S.Pd, M.Si
- Tahun 2018-2019 Ali Mukodas, S.Pd, M.Si
- Tahun 2019-sekarang DR. Joko Arwanto, M.Pd
